Фамилия Шкатько звучит по-украински, и это первая зацепка. Суффикс -ко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали принадлежность отцу, украинские фамилии на -ко (вроде Шевченко, Бондаренко) могли быть прозвищными или профессиональными и долгое время не склонялись. Шкатько — как раз из этой модели.

Основа фамилии — «шкат». Это слово не входит в современный литературный язык, но в украинских и южнорусских говорах «шкат» или «шката» означало нечто вроде «оборванец», «бедняк», а также могло относиться к человеку с плохой, рваной одеждой. В словаре Даля зафиксирован глагол «шкатать» — тереть, мять, а также «шкат» в значении «лоскут, тряпка». Таким образом, прозвище Шкат, от которого пошла фамилия, давали либо неряшливому человеку, либо, что вероятнее, бедняку, который ходил в обносках.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным «шкат» в значении «скряга» или «скупой человек». В этом случае прозвище носило бы характер социальной характеристики, а не внешнего вида. Выбрать одну из двух версий сложно: обе укладываются в логику народных прозвищ, которые давали по самой заметной черте. Важно, что фамилия не связана с профессией или именем — это чисто прозвищная, бытовая основа.

Географически фамилия Шкатько чаще всего встречается на Полтавщине, в Черкасской области и на юге России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне. В документах переписи XIX века носители этой фамилии — преимущественно государственные крестьяне и казаки, то есть люди не из привилегированных сословий. Никакой связи с дворянством или знатным родом нет, что подтверждает прозвищное происхождение от бытового слова.