Фамилия Шкатулкин — редкий случай в русском ономастиконе. Она образована от слова «шкатулка», но её происхождение не такое прямолинейное, как может показаться. В фамилиях, образованных от названий предметов, редко зашифровано прямое указание на ремесло предка (столяра или резчика по дереву). Чаще всего такие фамилии возникали из прозвищ, и здесь возможны две версии.

Первая и самая очевидная: прозвище Шкатулка могли дать человеку аккуратному, домовитому, любящему порядок и хранение вещей. В крестьянской среде шкатулка была не просто мебелью, а символом достатка и бережливости — её берегли, передавали по наследству. Вторая версия связана с диалектным значением. В некоторых говорах «шкатулкой» называли не только ларец, но и полного, плотного человека — «набитого», как сундук. Это прозвище по внешности вполне могло закрепиться за родоначальником.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — шкатулкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шкатулка. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от существительных женского рода (сравните: Матрёнин, Рыбкин). В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще возникали от мужских имён и прозвищ на согласный, «-ин» здесь логичен, потому что основа «шкатулка» заканчивается на «а».

Фамилия очень редкая. Она не встречается в старых боярских списках или переписных книгах XVII века, что говорит о её позднем, скорее всего, крестьянском или мещанском происхождении. В документах XIX века носители фамилии Шкатулкины фиксируются в основном в центральных губерниях России — Тверской, Московской, Ярославской. Это регионы, где было развито столярное и кустарное производство, но, повторимся, связь с ремеслом остаётся лишь предположением.

Слово «шкатулка» пришло в русский язык из польского (szkatułka), а туда — из итальянского (scatola). Так что в основе фамилии лежит заимствование, которое в русском языке полностью обрусело и стало обозначать бытовой предмет. По той же модели образованы фамилии Ларцев, Коробкин, Сундуков — все они объединены идеей ёмкости, хранилища, но Шкатулкин стоит особняком благодаря женскому роду основы и суффиксу «-ин».