Фамилия Шкатулов образована от прозвища Шкатул или Шкатула — так в старину могли называть человека, имевшего отношение к изготовлению или продаже шкатулок. Основа фамилии — нарицательное «шкатула» (от итал. scatola — коробка, ящичек), а суффикс -ов указывает на принадлежность: Шкатулов буквально означает «сын Шкатулы». Форма без суффикса -к- (Шкатулов, а не Шкатулкин) встречается реже и указывает, что прозвище было дано человеку, который сам был «шкатулой» — возможно, за аккуратность, замкнутость или любовь к хранению вещей.

Слово «шкатулка» вошло в русский язык не ранее XVII века, поэтому фамилия не может быть древней: её возникновение стоит отнести к XVII–XVIII столетиям, когда ремесло шкатулочников стало заметным в городах и при крупных монастырях. В отличие от более массовых фамилий от ремёсел (Кузнецов, Плотников), Шкатулов — редкая, профессиональная, но узкая: шкатулки делали не в каждом селе, а скорее в слободах и на ярмарках. В словарях фамилия не фиксируется как широко распространённая, что подтверждает её локальный характер.

По словообразовательной модели фамилия типична для русского севера и центра: суффикс -ов присоединялся к прозвищам на твёрдую согласную (Шкатул → Шкатулов). Если бы прозвище звучало как Шкатула (с окончанием -а), фамилия могла бы стать Шкатулин, но этого варианта в современных списках почти нет. Это косвенно говорит о том, что исходное прозвище было мужским, с нулевым окончанием.

Географически носители фамилии встречаются в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где в XVIII–XIX веках активно развивалось кустарное производство деревянных и металлических изделий. В метрических книгах конца XIX века Шкатуловы изредка записаны как мещане и крестьяне, реже — как купцы, что подтверждает ремесленный характер фамилии.

Однокоренных фамилий немного: Шкатулкин, Шкатулочный, Шкатульников. Все они связаны с тем же ремеслом, но различаются суффиксами. Шкатулов стоит особняком из-за редкой основы без уменьшительного суффикса — это прямая отсылка к прозвищу, а не к профессии в её бытовом названии.