Фамилия Шкатунова — женская форма фамилии Шкатунов, и её происхождение лежит на поверхности, но с неожиданным поворотом. Основа — слово «шкатулка». Казалось бы, всё ясно: предок мог быть мастером по изготовлению шкатулок или торговцем ими. Однако в русской ономастике прозвища по названиям предметов быта часто давали не ремесленникам, а людям с яркой внешностью или характером. Шкатулкой могли прозвать человека аккуратного, скрытного, «закрытого» — того, кто хранит свои мысли и чувства под замком.

Модель образования простая: суффикс -ов- (в мужской форме) указывает на принадлежность: «сын Шкатуна» или «из семьи Шкатуна». Само прозвище Шкатун могло возникнуть в среде, где слово «шкатулка» звучало иначе. В северных и сибирских говорах, например, встречается форма «шкатун» — с ударением на последний слог, что и дало фамилию без типичного для литературного языка смягчения. Это региональная деталь: фамилия Шкатунов (и Шкатунова) чаще встречается на Русском Севере и в Поволжье, чем в центральных областях.

С точки зрения сословной истории, фамилия не указывает на дворянство или духовенство. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда прозвища стали передаваться по наследству. Интересно, что вариант Шкатулкин встречается реже, а Шкатунов — более старая, архаичная форма, сохранившая диалектное произношение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Ларец, Коробейников, Сундуков), то Шкатунова стоит особняком: её основа не столько ремесленная, сколько метафорическая. Прозвище могло закрепиться за человеком, который «закрывался» от людей или, наоборот, был «шкатулкой с секретом» — неожиданным, таинственным. Точных данных о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что только подтверждает её редкий, локальный характер.