Фамилия Шкирькова — женская форма, а её мужской вариант Шкирьков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкирь, которое, скорее всего, образовано от диалектного слова «шкира». В южнорусских и украинских говорах так называли шкуру, кожу, особенно содранную с животного. Значит, первый носитель фамилии мог быть кожевником, скорняком или торговцем кожами — человеком, чья работа была связана с выделкой или продажей шкур. В некоторых областях «шкирой» могли в переносном смысле назвать худого, костлявого человека, как бы «кожа да кости».

Словообразовательная модель простая: к основе Шкирь- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шкиря). Фамилии на -ов типичны для центральной России и Севера, но корень «шкира» встречается и на юге, что допускает смешанное происхождение. Интересно, что фамилия Шкирьков и её варианты (Шкирёв, Шкирин) редки: они не попали в массовые боярские списки и, вероятно, возникли в крестьянской или ремесленной среде, где прозвища цеплялись по роду занятий.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Шкирько́ва, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый. Если искать параллели, то однокоренные фамилии вроде Шкилёв или Шкуркин имеют ту же семантику «кожи», но каждая закрепилась в своей местности. Поскольку фамилия не слишком распространена, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных гнёзд — например, из бывших южнорусских губерний или Поволжья, где слово «шкира» было в ходу.