Фамилия Шкирков — типичный пример русской фамилии, образованной по патронимической модели от прозвища. В основе лежит слово «шкирка», которое в диалектах и просторечии обозначало загривок, шею, шейный позвонок. В разговорной речи XIX века бытовало выражение «взять за шкирку» или «дать по шкирке», то есть воздействовать физически. Человек, получивший прозвище Шкирка, мог быть либо драчуном, либо, напротив, тем, кто часто попадал в переделки, либо обладателем заметной, сильной шеи. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Шкирки».

С точки зрения словообразования это фамилия на -ов, одна из самых распространённых на севере и северо-востоке России. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, здесь мы видим типичную модель от существительного женского рода с окончанием на -а, но с суффиксом -ов, а не -ин. Это говорит о том, что прозвище Шкирка могло восприниматься как мужское, хотя формально слово женского рода. Подобные случаи встречаются: фамилии типа Шишков, Козлов, где основа тоже женского рода, но суффикс -ов.

Географически фамилия Шкирков не является широко распространённой. Основные очаги её бытования — Псковская, Новгородская и Тверская области, что совпадает с ареалом активного употребления слова «шкирка» в северо-западных говорах. Встречается она и среди казачьих фамилий, но там чаще фиксируется вариант Шкирко (без суффикса) — украинского или южнорусского происхождения. Таким образом, предки Шкирковых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из новгородских или псковских земель, где прозвище было дано по характерной черте внешности или поведения.

Встречается также версия, что в основе может лежать тюркское слово «шикир» (сахар) или диалектное «шкир» — вид рыбы, но она слабо подтверждена. Фонетически и семантически прозвище от «загривка» гораздо правдоподобнее, так как прямо объясняет мотивацию именования в крестьянской среде, где прозвища часто были бытовыми и «телесными». Никаких сведений о дворянском происхождении Шкирковых в родословных книгах нет — фамилия оставалась преимущественно крестьянской и мещанской вплоть до XX века.