Фамилия Шкиркина звучит редко, и это сразу подсказывает, что перед нами — не массовое дворянское или географическое образование, а скорее прозвищное, бытовое. Основа здесь — слово «шкирка», которое в русских говорах имеет вполне конкретное значение. В большинстве диалектов «шкирка» (или «шкурка») — это шея, загривок, особенно у животного. Отсюда и прозвище Шкирка: так могли назвать человека либо с крепкой, толстой шеей, либо, наоборот, с худой, длинной — по характерной внешней примете. Прозвища по частям тела в русской ономастике — явление частое (Губа, Нос, Лоб), и Шкирка стоит в этом же ряду.

Суффикс -ин указывает на модель образования «чей?»: Шкиркина — дочь или жена Шкирки. Это типичная патронимическая (по отцу) или матронимическая (по матери) форма, которая закрепилась в качестве фамилии. В северных и центральных губерниях России фамилии на -ин особенно распространены, и Шкиркина могла возникнуть именно там. Важно не путать её с однокоренной фамилией Шкуркин, которая образована от слова «шкура» (кожа, мех) и часто связана с кожевенным ремеслом. Шкиркина же — от «шкирки» как части тела, а не от материала.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шкиркать» (скрести, чистить, драть). В этом случае прозвище Шкирка мог получить скорняк, мясник или человек, занимавшийся выделкой кож, — то есть ремесленник. Однако эта версия слабее: глагол редок, а прямое значение «шея» встречается в говорах гораздо чаще и даёт более естественное прозвище. Если придерживаться принципа правдоподобия, первая версия — по внешности — основная.

Фамилия не входит в списки столбового дворянства и не встречается в ранних родословных книгах. Это говорит о её крестьянском или мещанском происхождении: предки Шкиркиных были, скорее всего, простыми людьми, получившими фамилию в XIX веке при закреплении патронимов. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще фиксируется в Поволжье и на юге России — в областях, где «шкирка» в значении «шея» была в активном употреблении.

Таким образом, фамилия Шкиркина — это прозвище, данное по внешней черте (шея), закреплённое через отчество с помощью суффикса -ин. Никакой сложной этимологии или знаменитых носителей за ней не стоит, но она хорошо сохраняет память о живом народном языке и бытовой наблюдательности, с которой наши предки давали друг другу прозвища.