Фамилия Шкиркин — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или поведению, превратилось в родовое имя. В её основе лежит слово «шкира» — диалектный вариант «шкура». В русских говорах, особенно южных и западных, так называли кожу, снятую с животного, или просто шкуру. Человек по прозвищу Шкирка мог получить его за то, что обрабатывал кожи, торговал ими, либо — что вероятнее — за худобу, когда про кого-то говорили «кожа да кости». Прозвища на -а/-я, как правило, давались в быту людям простого звания, и фамилия Шкиркин отчётливо указывает на непривилегированное происхождение носителя.

Модель образования проста и прозрачна: к основе Шкирк- (чередование к/ч здесь не произошло, так как суффикс -ин присоединяется к основе на заднеязычный) добавили притяжательный суффикс -ин. Это классическая «фамилия-патроним» в её прямом значении: «чей?» — Шкиркин, то есть сын или потомок Шкирки. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имён, суффикс -ин характерен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я.

Написание фамилии устойчиво и не вызывает споров: через «и», а не «ы» (хотя в диалектах могло произноситься и «шкырка», но литературная норма закрепила вариант с «и»). Ударение падает на первый слог: Шки́ркин. Встречаются однокоренные фамилии — Шкурин, Шкуркин, Шкира, — но Шкиркин выделяется именно сужением корня: «шкура» → «шкира» (редукция гласного в безударной позиции, закрепившаяся на письме). Такое фонетическое изменение — верный признак того, что фамилия сложилась в живой устной среде, а не в канцелярии.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине, где слово «шкира» было в ходу. В переписных книгах XVII–XVIII веков могли записать крестьянина или посадского по прозвищу Шкирка, но в дворянские роды такая фамилия не попала — слишком «низкое» было у неё основание. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская, а род занятий мог быть связан с кожевенным делом или скотоводством. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно — она осталась фамилией простых людей, что для её владельцев сегодня, возможно, и есть главная ценность.