Фамилия Шпиркин — один из тех случаев, где на первый план выходит не имя, не ремесло, а прозвище, причём с довольно прозрачной звуковой основой. В русских фамилиях на -ин обычно указывают на принадлежность к отцу или матери: Шпиркин — это «чей?» — сын Шпирки. А сам Шпирка — это уменьшительно-пренебрежительная форма от слова «шпирк», которое напрямую связано с глаголом «шпирить» — колоть, втыкать, протыкать. В диалектах, особенно в южнорусских и украинских говорах, «шпиркать» означало бить, хлестать, а «шпирк» — удар, тычок, резкое движение.

Отсюда и прозвище Шпирка могли дать человеку с резким, колким характером — задиристому, любителю вставить острое словцо или скорого на расправу. Есть и более бытовая версия: в некоторых областях «шпиркой» называли кочергу, вертел или острую палку, которой прокалывают тесто. Тогда прозвище могло закрепиться за кузнецом, пекарем или просто за человеком, который работал с чем-то острым.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -а (Шпирка) плюс притяжательный суффикс -ин. Менее вероятно, но не исключено происхождение от немецкой фамилии Spirk или Spiering — в России такие фамилии иногда русифицировали, добавляя -ин. В пользу славянской версии говорит то, что корень «шпир-» встречается и в других русских фамилиях: Шпирёв, Шпира, Шпирко — все они тяготеют к югу России и Украине.

Фамилия Шпиркин не относится к числу распространённых, её нет в боярских списках или дворянских родословных книгах. Скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская, закрепившаяся в XIX веке. Географически она чаще встречается в Воронежской, Курской и Ростовской областях — там, где диалектное слово «шпирк» было в ходу.