Фамилия Шкиркова — женская форма, мужская — Шкирков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкирок, которое, в свою очередь, образовано от слова «шкирка». В русских говорах «шкирка» — это задняя часть шеи, загривок, шейный позвонок. Прозвище Шкирок могли дать человеку с крепкой, толстой шеей, либо тому, кто имел привычку ходить с задранным воротником, сутулиться. В переносном смысле — упрямому или драчливому, поскольку в драке чаще всего били именно по шкирке (отсюда и выражение «взять за шкирку»).

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа «Шкирк-» (от «Шкирок» через чередование к/ч) плюс суффикс принадлежности -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под прозвищем Шкирок, а его дети стали Шкирковыми. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что прозвище было на -ок, а не на -а или -я.

Однокоренные фамилии — Шкирёв, Шкирин, Шкирко (последняя особенно характерна для украинской и южнорусской традиции, где суффикс -ко выполняет ту же роль уменьшительности). Географически фамилия Шкирков встречается не повсеместно: по данным переписей и телефонных справочников, она сгущается в Поволжье (Самарская, Саратовская области) и на юге России, что может указывать на переселенческие потоки из центральных губерний.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от «шкир» — «шкура, кожа») маловероятна: фонетически и семантически русское «шкирка» ближе, и фамилия не имеет характерных для тюркских заимствований признаков (например, аканья или твёрдого произношения). Сословно Шкирковы, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками — прозвище бытовое, простонародное, не книжное.