Фамилия Шкитяев — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если отбросить типичный русский суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Шкитяев, то есть сын или потомок Шкитяя), в центре оказывается прозвище Шкитяй. Именно в нём ключ к происхождению.

Скорее всего, прозвище Шкитяй связано с диалектным глаголом «шкитать» или «скитать». В южнорусских и некоторых среднерусских говорах «скитаться» означало бродить, странствовать, вести бродячий образ жизни. Соответственно, Шкитяем могли назвать непоседливого человека, любителя путешествий или того, кто по роду занятий много ходил — например, странника, коробейника, бродячего ремесленника. Фонетическое изменение «с» на «ш» (скитаться → шкитаться) — явление нередкое для народной речи, особенно в условиях акающих говоров.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем или прозвищем, образованным от тюркского корня. В татарском и башкирском языках есть слово «шыт» или «шит» с разными значениями (например, «плотный», «крепкий» или «защита»). Однако для фамилии Шкитяев такая этимология менее естественна: суффикс -яй в прозвище характерен скорее для русской модели (ср. Гуляй, Бродяй, Ширяй), чем для тюркской.

Суффикс -яй в основе Шкитяй — типичный для русских прозвищ, образованных от глаголов. Он придаёт прозвищу активный, деятельный оттенок: Шкитяй — это «тот, кто шкитается». По модели словообразования фамилия Шкитяев стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Гуляев, Бродяев, Ширяев.

Географически фамилия наиболее характерна для юга России — Курской, Белгородской, Воронежской областей, где диалектные формы с «ш» вместо «с» встречаются чаще. Встречается она и в среде донских казаков, что косвенно подтверждает версию о прозвище, данном человеку подвижному или бывалому.

Таким образом, предок современных Шкитяевых, по всей видимости, получил прозвище за свой образ жизни — скитальческий, беспокойный, связанный с постоянными переходами. Фамилия сохранила память не о месте или ремесле, а о характере человека.