Фамилия Шкорупеев — редкий случай, когда основа, скорее всего, связана не с ремеслом или именем, а с физической особенностью или прозвищем, данным за манеру поведения. Разбираем её по косточкам.

Корень «шкоруп» восходит к диалектному глаголу «шкорупать» — оцарапать, содрать кожу, облупить. В южнорусских и украинских говорах «шкорупа» означала «скорлупа», «корка», «шелуха», а также «струп» или «царапина». Соответственно, Шкорупеем могли прозвать либо человека с грубой, шелушащейся кожей (например, после болезни), либо того, кто постоянно обо что-то царапался, обдирался — неуклюжего или работающего в колючем кустарнике. Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище могло относиться к прижимистому человеку, который «обдирает» других, как скорлупу, но это уже домысел, не подкреплённый словарями.

Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Шкорупеев — «сын Шкорупея». Форма на -еев, а не на -ов, типична для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. В данном случае основа «Шкорупей» (с йотированным окончанием) дала именно такой вариант. Это говорит о том, что прозвище бытовало в форме прилагательного или существительного с уменьшительным или пренебрежительным оттенком.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди казачества. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Шкорупеевы фиксируются как крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Сословная принадлежность была, скорее всего, низкой: прозвище неблагозвучное, и вряд ли его дали бы дворянину.

Интересная деталь: фамилия избежала типичного для таких основ суффикса -ин (Шкорупин), который обычно присоединялся к основам на -а/-я. Выбор -еев подтверждает, что исходное прозвище звучало именно как Шкорупей, а не Шкорупа. В современных базах фамилия остаётся крайне малочисленной — не более нескольких сотен носителей, что делает её своеобразным маркером родства для тех, кто её носит.