Фамилия Шкорупеева — яркий пример того, как прозвище, данное человеку за характерную привычку или манеру поведения, превратилось в наследственное родовое имя. Она образована от прозвища Шкорупея, которое, скорее всего, носил человек суетливый, придирчивый или скряжистый. В основе лежит глагол «шкорупиться» — в русских говорах это означало «скупиться», «жадничать», а также «привередничать», «мелочно придираться». В некоторых диалектах «шкорупа» — это корка, шелуха, и прозвище могло иносказательно указывать на «закрытого», «колючего» человека, от которого трудно добиться слова или денег.

Словообразовательная модель здесь классическая для северных и центральных областей России: суффикс -еев указывает на принадлежность. Первоначально Шкорупеевы — это дети, потомки или люди из рода Шкорупеи. Форма на -еев, а не на -ин, подсказывает, что прозвище Шкорупея склонялось как существительное мужского рода (как «воробей» — Воробьёв). Фамилия фиксируется в документах с XIX века, в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — именно в северных говорах слово «шкорупиться» было особенно распространено.

Интересная деталь: в отличие от более частых «скупых» фамилий (Скупов, Жадов), Шкорупеева сохранила в себе не только значение скупости, но и оттенок дотошности, мелочной придирчивости. Это делает её более объёмной в смысловом плане. Предок-носитель такого прозвища, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, которого в деревне знали как человека въедливого и расчётливого. Ударение в фамилии, по аналогии с большинством фамилий на -еев, падает на последний слог: Шкорупе́ева.

Правописание с двойным «е» в суффиксе (-еев) — редкая черта. Обычно в таких фамилиях пишут -ев (Шкорупов), но здесь мы видим архаичную форму родительного падежа множественного числа: «из рода Шкорупеев». Со временем это окончание застыло и стало частью фамилии, отличая её от более простого варианта Шкорупов.