Фамилия Шкрябунов образована от прозвища Шкрябун, которое ведет свое начало от украинского глагола «шкрябать» — «чистить, скрести, скоблить», «мелко, как попало пахать», «тревожить, беспокоить, раздражать кого-нибудь». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Шкрябуновых занимался чисткой, обработкой чего-либо (например, кож) или земледелием. Менее вероятно, что Шкрябуном называли подозрительного, взволнованного, неспокойного человека. Так и прозвище Шкрябун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шкрябунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкрябун, со временем получил фамилию Шкрябунов.