Фамилия Шкурапекин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью сохранило свою внутреннюю форму. В ней отчётливо слышится составное слово: «шкура» и «печь» (или «пек»). Носитель такой фамилии, скорее всего, был человеком, связанным с обработкой кож: либо скорняком, выделывавшим шкуры, либо тем, кто их сушил или «пёк» на солнце (в кожевенном деле существовал этап томления или просушки шкур, который в народе могли называть «печением»). Модель образования проста: основа «шкурапек» плюс суффикс притяжательности -ин, указывающий на принадлежность «сын Шкурапека».

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от слов женского рода (шкура) или от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Вторая часть — «пек» — могла быть как глагольным корнем (от «печь»), так и диалектным вариантом слова «пекло» (жар, зной). В говорах юга и юго-запада России «пек» означал не только жар, но и самого человека, который «печётся» у печи или на солнце. Таким образом, прозвище Шкурапек мог получить кожевник, работавший в жаркой мастерской, или просто человек с обгоревшей, «шкуристой» кожей, но первая версия — ремесленная — выглядит убедительнее.

Фамилия географически привязана к южнорусским и украинским землям. Она почти не встречается в северных и центральных регионах, что косвенно подтверждает связь с кожевенным промыслом, традиционно развитым на юге (в Малороссии, на Дону, в Курской и Воронежской губерниях). Там же распространены её «родственники» — Шкуропет, Шкуратов, а также более прозрачная фамилия Кожевников. Шкурапекин, в отличие от них, сохранила в основе не название профессии, а конкретное действие — «печь шкуру», что делает её более живой и образной.

В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается — вероятно, из-за её малочисленности. Однако по словообразовательному типу она абсолютно стандартна: прозвище + -ин. Единственная особенность — стечение согласных «пк» в середине, которое в произношении могло упрощаться до «хк» (Шкурахекин), но письменная форма закрепила исходный вариант. Спорных версий происхождения практически нет: корень очевиден, и притягивать тюркские или финно-угорские корни было бы натяжкой. Фамилия — чистый продукт русской народной номинации по занятию.