Фамилия Шкураева — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Шкураев. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Шкурай. В русских говорах «шкурай» могло означать человека, занимающегося выделкой кож, скорняка, либо того, кто торгует шкурами. Ремесленные прозвища часто закреплялись в фамилиях, особенно в среде крестьян и посадских людей, где профессия была главным отличительным признаком.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе на -ай. Такая схема характерна для фамилий, возникших от прозвищ с уменьшительными или профессиональными суффиксами (ср. Коваль — Ковалев, Бондарь — Бондарев). В случае Шкураева основа Шкурай, где -ай — распространённый словообразовательный элемент в древнерусских именах и прозвищах (Малый — Малай, Косой — Косай).

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с диалектным словом «шкура» в переносном смысле — так могли назвать хитрого или корыстного человека. Однако профессиональная трактовка выглядит убедительнее: она опирается на реальное занятие, которое было массовым в сёлах и городах Древней Руси. Фамилия могла возникнуть в южных или центральных регионах, где кожевенное дело было развито особенно широко.

Однокоренные фамилии — Шкурин, Шкуркин, Шкуратов — тоже восходят к той же основе, но с разными суффиксами. Шкураев выделяется среди них именно окончанием -аев, которое фиксирует древнюю форму прозвища на -ай. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одной местности и его потомки не расселялись широко.