Оно ведет свое начало от нарицательного «шкута», заимствованного из голландского языка и обозначающего парусное военное или транспортное (реже рыболовное) судно, распространенное на Балтийском и Каспийском морях, Ладожском и Онежском озерах, а также на реке Волге. Первым шкутом в составе русского флота был 12-пушечный шведский «Виват», захваченный в 1702 г. в бою на Чудском озере. Суффикс -ник часто часто используется при образовании названий профессий. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Шкутник относится к числу так называемых «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть кораблестроителем или моряком.