Фамилия Шлепаева, скорее всего, образована от прозвища Шлепай, которое в свою очередь восходит к глаголу «шлёпать». В старину это слово имело более широкий спектр значений, чем сейчас. Шлепаем могли назвать не только того, кто бьёт ладонью, но и человека, который ходит вразвалку, шлёпая по грязи или воде, или же того, кто работает небрежно, «тяп-ляп». В некоторых говорах «шлёпать» означало также «плести лапти» — особый вид плетения, при котором лыко шлёпает по колодке. Соответственно, Шлепаем могли прозвать и мастера-лапотника.

Фамилия имеет стандартную для русского севера и центра модель: основа Шлепай + патронимический суффикс -ев, который указывал на принадлежность роду: «чей?» — Шлепаев, то есть сын или потомок Шлепая. Более редкий вариант окончания — -ая свидетельствует о женской форме фамилии, характерной для южнорусских областей, где окончание прилагательного могло закрепиться за всеми членами семьи, но в случае с Шлепаевой это, скорее всего, современная фиксация фамилии в женском роде.

Встречаются однокоренные фамилии — Шлепаков, Шлепкин, Шлепнёв. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Шлепаева — одна из самых распространённых в этой группе, особенно в Поволжье и на Урале, куда фамилия могла попасть с переселенцами из северных и центральных губерний. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этим прозвищем, что говорит о его бытовом, недворянском происхождении.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: происхождение от древнерусского нецерковного имени Шлеп — краткой формы от глагола «шлепать» в значении «бить, хлестать». Такие имена давали в качестве оберегов: считалось, что имя со значением «удар» или «плеть» отпугивает злых духов. Однако в словарях древнерусских имён это имя не зафиксировано, поэтому версия с прозвищем, описывающим манеру поведения или род занятий, выглядит убедительнее.