Фамилия Шлепакова образована от прозвища или нецерковного имени Шлепак. В основе почти наверняка лежит глагол «шлёпать» — в старину у него было не только современное значение «бить ладонью», но и «плестись», «идти не спеша», «чавкать по грязи». Поэтому Шлепаком могли назвать человека с тяжёлой, шаркающей походкой или того, кто работал с чем-то мокрым и вязким — например, гончара, месившего глину, или сапожника, разминавшего кожу.

Модель образования простая: суффикс -ак (редуцированная форма -ок) превращал действие в имя деятеля или носителя признака. Потом к основе Шлепак добавили стандартный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шлепаков, то есть сын Шлепака. Женская форма Шлепакова закрепилась как вариант фамилии для женщин.

В отличие от фамилий с суффиксом -ин (например, Шлёпин), которые тоже встречаются, вариант на -ов типичен для центральных и южных областей России. В северных говорах и в Беларуси можно найти фамилию Шлепак без суффикса — она сохранила исходное прозвище в чистом виде. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -ак/-як разбираются как характерные для прозвищ, описывающих внешность или манеру поведения.

Сословный состав носителей фамилии, судя по архивным данным, был смешанным: Шлепаковы встречались и среди крестьян (например, в однодворческих слободах юга), и среди мещан. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — это фамилия простонародная, без аристократического следа.