По одной из версий, прозвище Шлыга восходит к нарицательному «шалыга». Это старинное слово в различных диалектах имело разные значения: «плешь, темя, макушка», «кочка», «посох с загнутым верхним концом», «большой мяч», «плеть, кнут, погонялка», а также «повеса, баловник, проказник», «праздношатающийся человек» и «пустослов». Таким образом, прозвище Шлыга мог получить человек высокий, плешивый, живущий на холме, опирающийся при ходьбе на посох, полнотелый (то есть круглый, как мяч), шаловливый, болтливый, склонный к безделью или не гнушающийся наказывать плёткой. Согласно другой гипотезе, это прозвище связано с белорусским словом «шлык» — «войлочная шапка». Возможно, основатель рода Шлыгиных носил подобный головной убор. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шлыга, со временем получил фамилию Шлыгин.