Фамилия Шмагалов образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шмагала). Основа здесь — прозвище Шмагал, и его происхождение неочевидно, что и делает фамилию интересной для разбора.

Прямое значение слова «шмагал» в литературном русском языке отсутствует, но в диалектах и просторечии оно встречается. Наиболее вероятная версия связывает его с глаголом «шмагать» — хлестать, стегать, бить с размаху. В говорах это слово могло относиться к человеку резкому, драчливому или тому, кто работал с кнутом, например, погонщику. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с украинским или белорусским «шмагати» (то же значение), что указывает на юго-западное происхождение прозвища. В любом случае, прозвище Шмагал давали за характер или занятие, а не за внешность.

Словообразовательная модель проста: корень шмагал- плюс патронимический суффикс -ов. Фамилия недворянская, типичная для крестьянской или мещанской среды. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает её диалектную основу. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях.

Редкий вариант написания — Шмагалов с ударением на второй слог (ШмагАлов), но нормативным считается ударение на последнем слоге (ШмагалОв), как у большинства фамилий на -ов. Носители фамилии не входят в число широко известных исторических деятелей, что типично для фамилий, возникших в низших сословиях и не попавших на страницы энциклопедий.