Фамилия Шмагарин, на первый взгляд, звучит необычно и даже немного загадочно. Её основа — «шмагара» — в русских говорах имела вполне конкретное значение. В словарях диалектной лексики слово «шмагара» (или «шмагарь») означало человека, который занимается мелкой торговлей, перекупщика, а иногда — просто пронырливого, суетливого человека. Вполне вероятно, что прозвище Шмагара дали расторопному торговцу, который скупал и перепродавал товар по мелочам, либо тому, кто отличался излишней хлопотливостью.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской антропонимии: к основе «шмагар» добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — «Шмагарин», то есть сын или потомок Шмагары. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что корень «шмаг-» может быть связан и с другими значениями. В украинском языке «шмагати» значит «стегать, хлестать», а «шмага» — плеть или розга. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с резким, «бьющим» характером или к тому, кто занимался плетением кнутов. Однако основная, самая вероятная версия — торговая, так как она подтверждается устойчивым бытованием слова «шмагара» в значении «мелкий торговец» в рязанских, тамбовских и воронежских говорах.

Фамилия Шмагарин — редкая и локальная. Она практически не встречается за пределами исторической территории России, что говорит о её позднем и узкорегиональном происхождении. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из южнорусских или центральных губерний, занимавшимися торговлей или ремеслом. Среди однокоренных фамилий можно назвать Шмагин (от «шмага» в значении «плеть») или Шмаков, но Шмагарин стоит особняком из-за прозрачного суффикса и диалектной основы.