Фамилия Шмагарева — женская форма фамилии Шмагарев. Её основа связана с глаголом «шмагать», который в русских говорах означал «бить, хлестать, стегать». В словаре Владимира Даля «шмагать» — это «хлестать, бить прутом, плёткой». Отсюда же «шмага» — прут, хворостина. Прозвище Шмагарь или Шмага давали человеку, который часто порол детей или подчинённых, либо тому, кто сам был невысокого роста, худой и гибкий, как прут. В некоторых диалектах «шмагать» значило «бегать, шнырять», так что прозвище могло относиться к непоседливому человеку.

Суффикс -ев в фамилии указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ и имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -а/-я. Форма Шмагарев — притяжательное прилагательное: «чей?» — Шмагарев, то есть сын или потомок Шмагаря. Фамилия встречается в южнорусских и поволжских областях, особенно в Воронежской, Тамбовской и Ростовской губерниях. Это говорит о том, что корень бытовал в диалектной среде, а не в литературном языке.

Редкий случай: написание с буквой «а» во втором слоге (Шмагарев, а не Шмогарёв) неслучайно. В говорах ударение падало на второй слог — Шмага́рь, поэтому в фамилии сохранилось «а» под ударением. Если бы исходное слово было «шмага́ть» с ударением на втором слоге, фамилия могла бы писаться иначе. Но закрепился именно вариант с «а» в корне.

Сословно Шмагаревы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не дворянская, не купеческая — её основа слишком бытовая и прозрачная. В дореволюционных метрических книгах Шмагаревы встречаются в среде государственных крестьян, реже — мещан. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шмагин (от «шмага»), Шмаков (от «шмак» — щеголь), Шмаров (от «шмара» — срам). Шмагарев стоит особняком: у него чёткая глагольная основа с активным действием, а не предметная. Это прозвище по поведению, а не по внешности.