Фамилия Шмараткина — женская форма, а мужская, Шмараткин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с суффиксом -к(а) плюс притяжательный суффикс -ин. Это значит, что в основе лежит слово «Шмаратка» — так в старину могли называть конкретного человека.

Корень «шмар-» почти наверняка восходит к глаголу «шмарить», который в южнорусских и украинских говорах означал «парить, обваривать кипятком», «ошпаривать», а также «жарить, печь» (например, «шмаровать сало»). В переносном смысле «шмарать» могло значить «бить, хлестать» или «делать что-то быстро и небрежно». Прозвище Шмаратка, скорее всего, получил либо человек, связанный с приготовлением пищи (повар, торговец горячим товаром), либо тот, кто отличался резкостью, горячностью в поступках.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «шмара» — «грязь, нечистоты». В этом случае прозвище могло относиться к неопрятному человеку. Однако для фамилии Шмараткин такая основа маловероятна: прозвища с явно отрицательной бытовой окраской редко становились основой для фамилий, если только не закреплялись в ироничном или «обережном» смысле.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, где глагол «шмарить» был обычен в речи. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от прозвища одного человека в конкретной волости или селе. Сословных перегородок у неё не было: Шмараткины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками, в зависимости от региона.

Интересная деталь: фамилия сохранила старую орфографию с буквой «а» в корне, тогда как в некоторых говорах то же слово звучало бы как «шмарить» через «и». Это указывает на то, что прозвище записали со слуха в той местности, где произносили именно «шмарать» — с твёрдым «а» после «р».