Фамилия Шмогун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, что сразу выделяет её в ряду русских фамилий. Чтобы понять её значение, нужно отбросить привычную модель «на -ов/-ин» и присмотреться к суффиксу.

В фамилии Шмогун чётко выделяется суффикс -ун. В русском языке он часто образует названия лиц по характерному действию или свойству: бегун, говорун, ворчун. Соответственно, основа «шмог-» должна указывать на действие или качество, которое закрепилось за человеком как прозвище. Что могло означать «шмогать» или «шмогнуть»? В диалектах северо-западных областей России (псковских, новгородских, тверских) и в белорусском языке глагол «шмогать» имел значение «хлестать, стегать, бить прутом», а также «быстро идти, шлёпать». Таким образом, Шмогун — это прозвище либо драчуна, задиры, который «шмогал» других, либо, наоборот, человека, который сам быстро и шумно передвигался, «шмогал» ногами.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или латышским языками. В балтийских языках есть слова со звучанием, близким к «šmogas» (лит. «туман, дымка»). Однако для образования прозвища-фамилии это значение малоподходяще, а суффикс -ун — явно славянский. Поэтому диалектная русская или белорусская основа остаётся главной и самой правдоподобной гипотезой.

Фамилия Шмогун практически не встречается в старых дворянских родословных книгах и не фиксируется в массовых переписях центральной России. Её география — западные и северо-западные регионы: Псковская, Смоленская области, а также Беларусь. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды, а прозвище закрепилось за основателем рода из-за его поведения или манеры ходьбы. В современной России фамилия остаётся крайне редкой, что делает её своеобразным маркером локального происхождения предков.