Фамилия Шмонько звучит для русского уха необычно, и это сразу указывает на её украинское или белорусское происхождение. Характерный суффикс -ко, часто встречающийся в фамилиях этих регионов (Шевченко, Бондаренко, Ковалько), говорит о том, что перед нами прозвище, превращённое в фамилию. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Шмо́нько.

Основа фамилии — слово «шмонь». В украинских и южнорусских говорах так называли человека, который шмыгает, суетится, делает всё быстро, но не всегда толково, или того, кто постоянно «шныряет» — бесцельно бродит, ищет что-то. Есть и другая, более конкретная версия: в некоторых диалектах «шмоня» — это прозвище для невысокого, юркого человека, который любит лазить по углам. Корень здесь тот же, что и в глаголе «шмыгать» — двигаться быстро и незаметно.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с польским или еврейским влиянием. В польском языке есть слово «szmon» (шмон) — устаревшее обозначение еврея, носившее пренебрежительный оттенок. Однако для славянской ономастики эта версия спорная: фамилии на -ко чаще образовывались от прозвищ, описывающих поведение, а не национальность. Поэтому самая правдоподобная гипотеза — бытовое прозвище: Шмонька — это «шмыга», «непоседа» или «проныра», а Шмонько — его потомок.

Географически фамилия Шмонько чаще всего встречается на территории современной Украины (особенно в Черниговской и Сумской областях), а также в южных регионах России и в Беларуси. Носители фамилии — это, как правило, потомки крестьян или казаков, получивших прозвище за характер или манеру поведения. Никакого отношения к тюремному жаргону («шмон» — обыск) фамилия не имеет: это случайное звуковое совпадение, возникшее в русском языке гораздо позже, чем сформировалась фамилия.