Фамилия Шникова — женская форма мужской фамилии Шников. В русской ономастике это редкий случай, когда фамилия не укладывается в привычные модели на -ов/-ев или -ин. Суффикс -ик здесь не уменьшительно-ласкательный, как могло бы показаться на первый взгляд, а скорее прозвищный или профессиональный.

Основа «шник» в русских говорах не встречается как самостоятельное слово. Вероятнее всего, это усечение от более длинного прозвища или названия профессии. Самый прямой путь — от слова «шник» как варианта «шнек» (винт, бурав) или «шнип» (режущий инструмент). В северных и сибирских говорах «шник» могли называть мастера по изготовлению деревянных винтов, токаря или плотника, работающего с резьбой. Такая профессия была востребована в судостроении и мельничном деле, где требовались деревянные винтовые механизмы.

Другая версия связывает фамилию с немецким или голландским «Schnicke» — так в XVIII веке называли особый тип парусного судна. Если предок носил прозвище Шник, он мог быть корабелом, лоцманом или капитаном такого судна. В пользу этого говорит то, что фамилия встречается в регионах, связанных с водными путями: в Новгородской, Архангельской и Вологодской областях.

Третья, менее вероятная гипотеза — от диалектного «шникать» (шарить, рыться, тайком искать). Прозвище Шник могли дать человеку любопытному, склонному к поиску чего-то скрытого, но эта версия не находит серьёзной поддержки в документах.

Фамилия Шников (и её женская форма Шникова) — нетипичный пример, когда основа не прозрачна для современного уха. Это говорит о том, что прозвище было узко профессиональным или диалектным, вышедшим из употребления вместе с исчезновением ремесла. В метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего числились крестьянами или мещанами, что подтверждает её «низовое» происхождение от ремесленного прозвища.