Фамилия Шнягина — женская форма фамилии Шнягин, которая образована от прозвища или мирского имени Шняга. Основа здесь — слово «шняга», и его значение напрямую определяет, кем мог быть предок.

В северных русских говорах, особенно в Поморье, шнягой называли небольшую промысловую лодку или парусное судно, приспособленное для ловли рыбы в прибрежных водах Белого и Баренцева морей. Человек, получивший прозвище Шняга, скорее всего, был рыбаком, лодочником или судовладельцем. Такая фамилия могла закрепиться в семьях поморов — жителей Архангельской губернии, Кольского полуострова и побережья Белого моря. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шнягин встречается в архангельских метрических книгах XIX века.

Есть и другой, менее распространённый вариант. В некоторых говорах «шнягой» называли не только лодку, но и тощего, худого человека или, наоборот, неряху. В таком случае прозвище носило бытовой, описательный характер — его давали по внешности или поведению. Однако для фамилии Шнягин первая, «морская» версия выглядит убедительнее: в ономастике фамилии, связанные с ремёслами и промыслами, встречаются чаще, чем прозвища по случайным признакам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шнягин — «сын Шняги» или «из семьи Шняги». Женская форма Шнягина образована по тому же правилу, что и большинство русских фамилий на -ин. Встречается она редко, и если говорить о географии, то основная область бытования — север Европейской России, а также регионы, куда в XIX–XX веках переселялись поморы: Сибирь, Дальний Восток.

Стоит упомянуть, что фамилия Шнягин не входит в число распространённых, её носителей немного. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, она не упоминается, что характерно для редких локальных фамилий, возникших в узкой диалектной среде.