Фамилия Шоболтов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно восходит к прозвищу. Основа «шоболт» — нецерковная и неканоническая. Наиболее вероятная версия связывает её со словом «шоболт», которое в некоторых русских говорах означало «шум, гам, суета» или «болтун, пустомеля». Человек мог получить такое прозвище за беспокойный нрав, неугомонность или любовь к пустым разговорам.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от диалектного «шоболтать» (качать, болтать, трясти). В этом случае прозвище могло указывать на неуклюжую, шаткую походку или манеру двигаться. Суффикс -ов в фамилии стандартный: он указывает на принадлежность («сын Шоболта»), то есть фамилия — это буквально «Шоболтов сын».

По социальному происхождению фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская. Даже если носитель прозвища Шоболт был боярским холопом или ремесленником, фамилия закрепилась в той среде, где прозвища были живыми и меткими. Учитывая редкость фамилии, её географию стоит искать в северных или центральных губерниях России, где бытовала соответствующая диалектная лексика.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «о» в корне: Шоболтов, а не Шаболтов. Это указывает на аканье в произношении (в безударном положении «о» звучит как «а»), но в письменной форме сохранилась этимологическая или диалектная норма. Встречающийся иногда вариант Шаболтов — результат обратного влияния произношения на письмо. Однокоренных фамилий (вроде Шоболдин или Шоболкин) в источниках почти нет, что подтверждает уникальность основы.