Фамилия Шонгина — женская форма фамилии Шонгин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Шонга. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «шонга» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли обрубок дерева, чурбан, а иногда и неуклюжего, грубоватого человека. Прозвище могли дать плотнику, лесорубу или просто человеку с тяжелым нравом.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Он указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шонгин, то есть сын Шонги. Это одна из самых распространенных моделей в северных и центральных регионах России, где фамилии часто фиксировали прямое родство по отцу.

География фамилии Шонгин довольно узкая. Основной ареал — Вологодская и Архангельская области, реже фамилия встречается на Урале. Это подтверждает северное происхождение прозвища: именно в поморских и вологодских говорах слово «шонга» имело хождение. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Шонгиных из Тотемского уезда — скорее всего, предки современных носителей фамилии были государственными или монастырскими крестьянами.

Интересно, что фамилия Шонгин не имеет отношения к финно-угорским языкам, хотя внешне напоминает некоторые карельские или вепсские фамилии. Это чистый славянский отантропоним, просто с редкой диалектной основой. В современных справочниках фамилия нечастотна, что делает её ценным маркером локальной истории Русского Севера.