Фамилия Шонкина — женская форма фамилии Шонкин, и её происхождение упирается в редкое и неочевидное прозвище. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь работает суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: чей? — Шонкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шонка.

Основа — «шонка» — не встречается в литературном русском языке как самостоятельное слово, но может быть диалектным или искажённым вариантом. Самая правдоподобная версия отсылает к глаголу «шониться» (или «шаниться»), который в северных и сибирских говорах означал «шататься без дела», «лениться», «уклоняться от работы». В таком случае Шонка — прозвище нерадивого, праздного человека. Подобные прозвища по поведению давались в крестьянской среде часто и без злого умысла, скорее как бытовая характеристика.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «шон» или «шонка» может означать «жирный», «тучный» (ср. казахское «шон» — крупный, массивный). Если предки носителя фамилии жили в зоне русско-тюркского контакта (Поволжье, Урал, юг Сибири), прозвище могло закрепиться за полным или крупным человеком. Однако для фамилии Шонкина эта версия слабее: суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от славянских прозвищ, а тюркские заимствования чаще оформлялись через -ов/-ев.

Географически фамилия редкая, встречается точечно — в основном в центральных и северных областях России (Кировская, Вологодская области, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX веке). В дореволюционных переписях и метрических книгах Шонкины фиксировались как крестьяне и мещане, то есть фамилия не дворянская и не купеческая. Встречается и вариант написания Шанкина — он мог возникнуть из-за акающего произношения (шонка → шанка), но в документах чаще закреплялся именно через «о».

Таким образом, носитель фамилии Шонкина может считать своим предком человека, которого в деревне дразнили Шонкой — либо за лень, либо за дородность. Других устойчивых ономастических параллелей у этой фамилии нет, что делает её интересным примером редкого прозвищного имени, не стёртого временем.