Фамилия Шонькин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный, с помощью притяжательного суффикса -ин. Если бы основа заканчивалась на твёрдый согласный, мы бы имели фамилию Шоньков. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шонькин буквально означает «сын Шоньки» или «человек из рода Шоньки».

Основа фамилии — Шонька. Это не каноническое церковное имя, а уменьшительно-бытовая форма. В ней слышен тот же корень, что и в слове «шонька» — так в некоторых русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, называли щенка, собачонку. Не исключено, что прозвище Шонька дали человеку за внешнее сходство с собакой (например, за ворчливость, преданность или неопрятность), либо за то, что он держал много собак. Однако в народной среде прозвища от названий животных были обычным делом и не всегда несли обидный смысл — часто они закреплялись за человеком по какой-то одной заметной черте.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: Шонька — это фонетический вариант имени Сенька (уменьшительное от Семён, Серафим или Селиван). В диалектах возможна замена начального «с» на «ш» (ср. «шуба» вместо «суба» в древнерусском), но для фамилии Шонькин такое объяснение спорно, так как фамилия Шенькин или Сенькин встречается отдельно и имеет свою географию.

Географически фамилия Шонькин редкая. Основные очаги её бытования — центральные области России, особенно Вологодская, Костромская и Кировская области, а также Поволжье. В этих местах слово «шонька» в значении «собачка» было в ходу до XX века. Носители фамилии могли быть крестьянами, но из-за редкости фамилии нельзя исключать, что предок был выходцем из однодворцев или даже из служилых людей по прибору, если фамилия фиксируется в старых писцовых книгах.

В отличие от массовых фамилий вроде Иванова или Кузнецова, Шонькин сохраняет прямую связь с живым диалектным словом. Это не книжная, а сугубо народная фамилия, возникшая в среде, где прозвище было точнее и ярче, чем имя по святцам.