Фамилия Шонькина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной точки отсчёта. По правилам русской ономастики, фамилия образована от мужской Шонькин через суффикс -а, обозначающий принадлежность к роду. Но в основе лежит не имя, а прозвище или уменьшительная форма имени, и здесь начинается самое интересное.

Корень «Шоньк-» с суффиксом -ин указывает на то, что фамилию дали по отцу, которого в быту звали Шонька. Это типичная севернорусская и сибирская модель: в говорах Вологодчины, Архангельской области и Пермского края часто сокращали имена до форм вроде Санька, Минька, Ванька. Шонька могла быть производной от имени Семён (через местное «Шомон» или «Шоня») или от редкого канонического имени Шония, которое встречалось в святцах как греческое заимствование. Вторая версия правдоподобнее: имя Шония (от греческого «сон» или «спокойствие») давали при крещении, а в народе его переделали в Шоньку — по тому же принципу, что Авксентий становился Аксёном, а Иосиф — Осипом.

Суффикс -ин в фамилии Шонькина — не уменьшительный, а притяжательный, как у всех фамилий на -ин. Он указывает на прямую связь: «чей сын?» — Шонькин. Такая модель была распространена в среде крестьян и посадских людей, особенно в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись. Дворянские роды чаще использовали -ов/-ев, а -ин оставался за простыми сословиями. Поэтому предки носительницы фамилии Шонькина, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из северных губерний, где имя Шония или его вариант Шонька встречалось чаще, чем в центральной России.

Географически фамилия Шонькина почти не встречается за пределами бывших Вятской и Пермской губерний. В современных базах данных (например, в телефонных справочниках начала XX века) единичные записи фиксируются в Кировской области и на Урале. Это подтверждает версию о местном, диалектном происхождении: в центральных областях имя Шония не прижилось, а на севере, где дольше держались старые святцы, оно дало редкую фамилию.

Спорных версий немного: иногда корень связывают с диалектным словом «шонька» — так в некоторых говорах называли щенка или маленькую собаку. Но это маловероятно: прозвища по животным обычно давали взрослым мужчинам, и они образовывали фамилии на -ов (Шоньков), а не на -ин. Суффикс -ин крепче привязан к личным именам. Поэтому самая надёжная гипотеза — происхождение от крестильного имени Шония, которое в разговорной речи сократили до Шоньки, а затем закрепили в фамилии.