Фамилия Шпаковски — яркий пример фамилии, выбивающейся из привычной русской модели на -ов/-ин. Её окончание -ски (в мужском роде) и -ска (в женском) сразу указывает на польское или западнорусское происхождение, а точнее — на шляхетскую традицию образования фамилий от названий местностей. В польском языке такие фамилии писались как Szpakowski (женская форма Szpakowska), и при переходе в русскую среду буква «а» в окончании нередко менялась на «и» — так появился вариант Шпаковски.

Основа фамилии — «шпак». В польском языке «szpak» означает скворца. Это слово могло лечь в основу прозвища: Шпаком на польских землях называли человека с пёстрыми волосами, быстрого, болтливого или просто похожего на эту птицу. От прозвища Шпак образовалась фамилия Шпаковский, а затем, с усечением окончания, — Шпаковски. Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в Польше и на Украине существуют деревни с названием Шпаки, Шпаковцы, от которых также могли произойти фамилии с суффиксом -ский.

С точки зрения словообразования, суффикс -овск-/-евск- (в польском -owski) типичен для фамилий, указывающих на принадлежность к роду или месту. Шпаковски — это вариант Шпаковского, который мог возникнуть в результате адаптации фамилии в русской среде: окончание -ий отпало, и фамилия закрепилась в краткой форме, характерной для некоторых регионов (например, для бывших польских территорий в составе Российской империи).

Географически фамилия Шпаковски встречается в основном у потомков польской шляхты или крестьян, переселившихся в XIX–XX веках на восток — в Беларусь, на Украину, а затем и в Россию. В отличие от массовых русских фамилий, Шпаковски сохраняет память о своём западнославянском корне и о том, что предки носителя могли быть либо мелкими землевладельцами, либо просто людьми, получившими прозвище за внешность или характер.