Фамилия Шпанагин, вероятно, является русифицированным вариантом немецкой фамилии Шпанагель. Она, в свою очередь, про одной из версий, происходит от топонима Шпанаги — такое название носит один из населенных пунктов в Германии. Можно предположить, что предок обладателя фамилии Шпанагин был его уроженцем. Согласно другой гипотезе, фамилия Шпанагель ведет свое начало от прозвища, в основе которого лежит немецкое слово Spange - «зажим, застежка». Позже оно стало иметь значение «жестянщик», «водопроводчик». Соответственно, фамилия Шпанагин может указывать на профессию предка.