Фамилия Шпунтенков — редкая и звучит не по-русски. В ней явно проступает иноязычная основа, которую «обрусели» с помощью типичного русского суффикса -ов. Если разобрать слово по косточкам, внутри мы найдём корень «шпунт», а за ним — суффикс -енк-, который в фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение носителя (сравните: Бондаренко, Коваленко). То есть перед нами типичный случай, когда украинскую фамилию на -енко адаптировали под русскую модель, добавив окончание -ов. Первоначальная форма могла звучать как Шпунтенко или Шпунтёнко.

Сам корень «шпунт» многое говорит о возможном занятии предка. В русском языке это слово имеет два основных значения. Первое — плотницкое: шпунтом называют продольный выступ на доске, который входит в паз другой доски. Плотник, работающий «в шпунт» (то есть делающий соединения шип-паз), мог получить прозвище Шпунт. Второе значение — техническое: шпунт — это инструмент для пробивки отверстий, либо деталь в машиностроении. В любом случае, прозвище Шпунт давали человеку, который имел дело с деревом или металлом — плотнику, столяру, слесарю.

Версия, что фамилия происходит от немецкого «Spund» (пробка, затычка, а также тот же плотницкий термин), тоже имеет право на существование. В Россию, особенно в Петербург и Поволжье, приезжало много немецких мастеров, и их прозвища или фамилии могли адаптироваться на местной почве. Однако украинский суффикс -енко надёжнее указывает на то, что носитель фамилии — выходец с территории современной Украины или юга России, где немецкое влияние было слабее, а плотницкое ремесло — распространено.

Таким образом, Шпунтенков — это потомок человека с прозвищем Шпунт (скорее всего, искусного столяра или плотника), чья фамилия прошла путь от украинской модели на -енко до русской на -ов. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в центральных областях, что подтверждает её «южное» происхождение. Дворянской эта фамилия не была — это типичная ремесленная или крестьянская фамилия, образованная от прозвища по профессии.