Фамилия Штанеев — одна из тех, где основа не лежит на поверхности. На первый взгляд хочется связать её с немецким «штайн» (камень), но суффикс -еев указывает на иную природу. В русской ономастике фамилии на -еев обычно образуются от основ на -ей или -ея. Здесь, скорее всего, мы имеем дело с прозвищем или именем Штаней, которое могло возникнуть от диалектного глагола «штанать» — в некоторых говорах так называли небрежную, торопливую работу или беготню. Человек по прозвищу Штаней — тот, кто суетится, делает кое-как, или, наоборот, прыткий, непоседливый.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями. В башкирском и татарском языках есть слово «штан» (штаны, порты). Прозвище Штаней могли дать портному или человеку, носившему необычные штаны. Однако для фамилий тюркского происхождения более типичны окончания -ов/-ев, а -еев встречается в русских фамилиях, образованных от уменьшительных форм имён (например, Матвей → Матвеев). Если Штаней — это сокращение от какого-то канонического имени, то установить его сейчас сложно: в святцах такого имени нет.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, единично — в Поволжье. Сословного барьера у неё не было: Штанеевы могли быть и крестьянами, и мещанами. В документах XVIII–XIX веков фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении либо о локальном бытовании в одной-двух губерниях.

Если сравнивать с однокоренными, то напрашивается фамилия Штанов — она прямее и понятнее по смыслу. Штанеев же стоит особняком: суффикс -еев при основе на -ей говорит о том, что исходное слово было именно прозвищем или именем, а не названием предмета. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, получили её от человека с живым, подвижным характером или за манеру работать спустя рукава.