Фамилия Штубина — довольно редкая, и её происхождение, скорее всего, не связано с какой-то одной точной профессией или именем. В основе лежит слово «штуба», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое распространенное — «шахта» или «горная выработка» (от немецкого Stube — «комната, помещение»). Поэтому первая версия: предок носителя фамилии мог быть горняком или жить рядом с рудником. Второе, более простое значение «штубы» — тёплое помещение, горница, а в некоторых диалектах — кладовая или чулан. Тогда прозвище Штуба могли дать либо домоседу, который любил сидеть в тепле, либо, наоборот, человеку, ведавшему хозяйскими припасами.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Штубин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Штуба. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал её бытования — Урал и Сибирь, что косвенно подтверждает «горную» версию. На Урале, где с XVIII века активно развивалась горнодобывающая промышленность, слово «штуба» было обиходным. Там фамилия могла возникнуть как профессиональное прозвище, закрепившееся за целым родом. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское или географическое происхождение, Штубина — фамилия «земная», из рабочей или крестьянской среды.

Встречается также вариант написания с одной «б» — Штубина, но он ещё более редок и, вероятно, является результатом ошибки в документах. В любом случае, фамилия эта не заезжая и не книжная: она родилась в народе, в конкретной среде, где слово «штуба» было понятно каждому.