Фамилия Штубрин — редкая, и её разбор стоит начать с суффикса. -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Штубрин», то есть сын или потомок Штубра. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и в русской ономастике она одна из древнейших, распространённая в северных и центральных регионах. Основа здесь — Штубр, что почти наверняка восходит к немецкому слову Stuber (или Stüber) — «горница», «комната» или «мастерская». В немецких диалектах так могли называть человека, который работал в небольшом помещении, например, столяра или портного, либо владельца постоялого двора с комнатами.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с нижненемецким Stubber — «пень» или «обрубок». В таком случае прозвище могло достаться коренастому, плотному человеку. Но слово Stuber встречается в фамилиях и топонимах гораздо чаще, поэтому версия с «горницей» выглядит убедительнее. Интересно, что фамилия Штубрин почти не фиксируется в центральных областях России, а встречается в Поволжье и на Урале — в местах, куда в XVIII–XIX веках переселяли немецких колонистов или куда уходили обрусевшие носители немецких корней.

Суффикс -ин мог прирасти уже на русской почве: немецкое Stuber при заимствовании превратилось в Штубр, а затем по модели «Штубр — Штубрин» оформилось в фамилию. Это типичный случай, когда иноязычное прозвище «обрусело» через патронимический суффикс, и носитель фамилии уже через поколение не помнил о немецком происхождении предка. Сословная принадлежность первых Штубриных, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянские фамилии с таким корнем в исторических документах не встречаются.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет: Штубер, Штуббе, Штубендорф — все они либо немецкие, либо образованы от тех же корней, но в другом регионе. Штубрин стоит особняком именно из-за редкого сочетания основы и славянского суффикса. Если ваши предки носили эту фамилию, ищите их в метрических книгах Саратовской, Самарской или Оренбургской губерний — там вероятность найти запись выше, чем в центральной России.