Фамилия Шубаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Шубаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Шубаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Шубаев образована от диалектного варианта арабского имени Шабай — Шубай, которое переводится как «юноша, юнец». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну всегда оставаться молодым и жизнерадостным. Менее вероятно, что в основе фамилии Шубаев лежит прозвище Шубай, которое восходит к нарицательному «шуба» - «верхняя одежда из меха, покрывающая всё тело». Можно предположить, что Шубаем прозвали мастера по пошиву шуб. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Шубаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Шубаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.