Фамилия Шубняков — одна из тех, чья основа лежит на поверхности, но при ближайшем рассмотрении открывает неожиданные варианты. Главная версия: перед нами типичная профессиональная фамилия, образованная от слова «шубняк». В русских говорах так называли мастера, который шил шубы, или торговца меховыми изделиями. Суффикс -як часто указывал на лицо по роду занятий (сравните: рыбак, кожемяка), а -ов добавил уже привычную фамильную принадлежность — «сын шубняка» или «из семьи шубняка».

Однако у этой фамилии есть и более редкая, локальная версия. В некоторых областях (особенно в северных и сибирских говорах) «шубняком» называли не человека, а зимнюю дорогу — путь, по которому возили меха или который прокладывали по глубокому снегу. В этом случае Шубняков мог получить прозвище не по ремеслу, а по месту жительства — например, у такой дороги. Версия менее распространённая, но лингвистически допустимая, особенно если учесть, что фамилия встречается в регионах с суровыми зимами.

Модель образования через -як + -ов — не самая частая, что делает фамилию интересной для этимолога. Большинство русских фамилий на -ов образованы от имён или прозвищ на согласный (Иван → Иванов), а здесь мы видим промежуточный суффикс, который «переводит» слово из разряда названий профессии в разряд фамильных основ. Это сближает Шубнякова с такими фамилиями, как Кожемяков или Скорняков, но с той разницей, что «шубняк» — слово более диалектное и менее литературное, чем «скорняк».

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется преимущественно в центральных и северных губерниях: Костромской, Вятской, Владимирской. Сословной привязки нет — Шубняковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами, занимавшимися меховой торговлей. Встречаются единичные упоминания в списках однодворцев, что указывает на возможное происхождение из служилых людей «по прибору», которые со временем осели на земле.