Фамилия Шубнякова — женская форма фамилии Шубняков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или профессии предка. Основа здесь прозрачна: «шубняк». В русских говорах этим словом называли не только скорняка, выделывающего шубы, но и того, кто их шил, торговал мехом или просто носил богатую шубу, что тоже могло стать прозвищем. Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -як (как в Рыбак, Кожемяка) указывает на лицо по роду деятельности или характерному признаку, а затем фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности: «сын Шубняка».

В отличие от фамилий на -ин (вроде Шубин), которые часто образовывались от прозвищ на -а/-я, вариант Шубняков встречается реже. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии занимался именно ремеслом, а не просто имел внешнюю примету. В ономастических словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается как массовая, что подтверждает её относительную редкость. Она могла закрепиться в одной местности, например, в северных губерниях, где шубный промысел был особенно развит, или среди старообрядцев, сохранявших архаичные говоры.

Спорных версий здесь почти нет. Основу «шубняк» не спутаешь с иноязычными корнями, а альтернативное происхождение от имени Шубня (гипотетической формы от Шуба) — искусственная гипотеза, не подкреплённая историческими записями. Так что с высокой вероятностью Шубняковы — потомки мастерового человека, который шил или чинил шубы, и фамилия честно хранит память о его ремесле, не перегруженная загадками.