Фамилия Шугаников образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, с помощью суффикса -ов, а затем -ин. То есть сначала было прозвище Шуганик, затем от него образовалась фамилия Шугаников. Суффикс -ов здесь указывает на принадлежность («чей?»), а конечное -ин — результат адаптации основы на -а. Такая двойная суффиксация встречается реже, чем простые формы (Шуганов или Шугакин), и говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвище было особенно прочным.

Корень «шуга» в русских говорах имеет несколько значений, и все они так или иначе связаны с бытом или характером. В северных и сибирских диалектах «шуга» — это мелкий лёд, шуга на реке, ледяная каша. Прозвище Шуга могли дать человеку с холодным, колючим нравом или тому, кто работал на воде, например, рыбаку или сплавщику. В южных говорах «шуга» означала нечто мелкое, рассыпчатое, а также пустого, легкомысленного человека. Встречается и значение «огородное пугало» — отсюда возможна ироничная характеристика. Прозвище Шуганик, таким образом, — это уменьшительная форма от Шуга, с ласкательным или, наоборот, пренебрежительным оттенком, в зависимости от контекста.

Версия о происхождении от тюркского имени или слова (например, от «шуга» — «радость» в некоторых тюркских языках) менее правдоподобна. Фамилия Шугаников не типична для татарских или башкирских родов, где чаще встречаются формы на -ов без двойного суффикса. К тому же, в русских диалектах «шуга» — слово живое и употребительное, что делает славянскую этимологию основной.

Географически фамилия редкая, но с заметным следом в Поволжье и на Урале. Встречается в архивных записях XIX века среди крестьян и мещан — сословий, где прозвища передавались в семью именно в такой форме. Судя по суффиксу -ик, прозвище Шуганик могло быть не просто личным, а семейным — так в деревне называли целый двор или род. Фамилия Шугаников, скорее всего, закрепилась за потомками человека по прозвищу Шуганик, которое в свою очередь получил либо нелюдимый, либо занятый на ледяной рыбалке, либо просто невысокий и суетливый предок.