Фамилия Шуганов — яркий пример того, как в русском именослове закрепилось прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения. В её основе почти наверняка лежит слово «шуга» — так в северных и центральных говорах называли невзрачного, худого или неопрятного человека. В словаре Даля «шуга» означает ещё и мелкий рыхлый лёд, но это значение вряд ли стало источником прозвища: прозвища по льду давали редко, а вот «шуга» в значении «заморыш» или «неуклюжий» — вполне типичный случай.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий XVI–XVII веков: «чей?» — «Шуганов», то есть сын или потомок Шугана. Шуган — это уменьшительная форма от того же прозвища Шуга, с характерным для разговорной речи суффиксом -ан. Такие образования были распространены в крестьянской и посадской среде: Ермак, Пузан, Шуган. Фамилия не дворянская, не семинарская — она выросла из бытового прозвища, которое давали в деревне.

Есть и более редкая версия, которую иногда выдвигают: связь с тюркским корнем «шу» (вода) или с кавказскими языками. Но она не выдерживает критики. Во-первых, фамилия Шуганов не зафиксирована в числе типично татарских или башкирских — у тех преобладают формы на -ов/-ев, но с иной основой (например, Шугаипов). Во-вторых, география фамилии указывает на русский Северо-Запад и Поволжье — регионы, где слово «шуга» в значении «худой человек» было в ходу. Так что объяснение через русское прозвище и надёжнее, и проще.

С точки зрения словообразования фамилия однотипна с Шустовым, Шубиным, Шугаевым — все они образованы от прозвищ на -уга/-уга. Интересно, что в некоторых переписях XVII века встречается форма Шуганин, но она не прижилась. Шуганов же остался в десятках тысяч записей в современных справочниках — от Архангельской до Оренбургской области. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за худощавое телосложение или небрежный вид. Никакой тайны или высокого происхождения здесь нет — зато есть живая связь с народной речью, которая сохранилась в фамилии до наших дней.