Фамилия Шугатов — один из тех случаев, когда корень слова не лежит на поверхности и требует разбора. В её основе лежит древнерусское прозвище или имя Шугат, которое, в свою очередь, образовано от глагола «шугать» — пугать, гнать, прогонять. В словаре Даля это слово фиксируется с пометкой «южное, западное»: шугать значит «кричать, пугать, гнать птицу или скотину». Таким образом, Шугатом могли прозвать человека крикливого, бойкого, того, кто постоянно распугивал ворон или гусей, работая в поле. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище сторожа или пугала, которое использовали для отпугивания зверей.

Фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шугатов, то есть потомок Шугата. Суффикс типичен для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ов составляют большинство. Однако сам корень «шугат» — редкий, нечастотный. Это сразу выделяет фамилию на фоне более распространённых Шугаевых или Шугайловых, которые тоже восходят к тому же глаголу. Шугатов — форма с усечением основы (Шугат вместо Шугай), что может указывать на более раннее, архаичное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и однодворцев, то есть людей, нёсших сторожевую службу на южных границах. Прозвище Шугат могло быть дано не только за голос, но и за характер: резкий, вспыльчивый или, наоборот, суетливый, «гоняющий всех». Интересно, что в некоторых говорах «шугать» означало ещё и «бранить, ругать», так что значение могло быть переносным — «скандалист» или «задира».

Сословно Шугатовы, скорее всего, были крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение. Фамилия не имеет отношения к диалектному слову «шуга» (лёд на реке) или «шугай» (старинная одежда) — это омонимы, которые этимологически не связаны с глаголом «шугать».