Фамилия Шугатова — женская форма мужской фамилии Шугатов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шугат, которое было распространено в тюркоязычной среде. Слово «шугат» в тюркских языках имеет несколько значений, и самое вероятное для прозвища — «радость», «веселье». Человек с таким именем мог получить его за весёлый нрав или как пожелательное имя: родители называли так ребёнка, чтобы его жизнь была счастливой и беззаботной.

Словообразовательная модель проста: к основе Шугат- добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, получилась фамилия Шугатов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Шугата». Такая модель — самая массовая в русской фамильной системе, но в данном случае она наложилась на нерусскую, скорее всего, татарскую или башкирскую, основу. Поэтому фамилию Шугатовы стоит искать в регионах Поволжья и Приуралья, где исторически жили тюркские народы в тесном контакте с русскими.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах русского языка «шуга» — это мелкий лёд, шуга на реке перед ледоставом. Отсюда могло возникнуть прозвище Шуга для холодного, неприветливого человека. Но тогда форма фамилии была бы Шугин или Шугов, а не Шугатов. Суффикс -ат- в тюркских именах встречается часто (сравните: Булат, Арслан, Шакир), поэтому версия с тюркским корнем убедительнее.

Фамилия не относится к дворянским или старинным княжеским родам. Её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию в XIX веке при массовом учёте населения. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: предки жили в одном или нескольких соседних селениях.