Фамилия Шуганова — женская форма фамилии Шуганов. Её основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Шуган. В русской ономастике это слово обычно связывают с диалектным глаголом «шугать» — пугать, прогонять, вспугивать. Соответственно, Шуганом могли прозвать человека тревожного, пугливого либо, наоборот, того, кто любил подшучивать, внезапно пугать окружающих. Вторая версия, менее распространённая, выводит прозвище из тюркских языков, где «шуга» означает «подарок» или «дар». В этом случае Шуган — человек, которого считали даром судьбы, или же тот, кто часто делал подарки. Однако для фамилий, зафиксированных в центральных русских областях, первая, славянская версия выглядит убедительнее.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Шуган добавился патронимический суффикс -ов (у мужчин) и -ова (у женщин). Фамилия Шуганов (Шуганова) — притяжательная, она отвечала на вопрос «чей?» и означала «сын (дочь) Шугана». По такой схеме в XVI–XVII веках формировались фамилии крестьян и посадских людей, когда у человека было только прозвище, а потомки получали фамилию по нему.

С географической точки зрения фамилия Шуганов (Шуганова) встречается в основном в Поволжье и на Урале. Встречаются носители в Татарстане, Башкортостане, а также в Самарской и Оренбургской областях. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть как в русской, так и в тюркоязычной среде, где прозвище Шуган могло быть заимствовано или переосмыслено. В любом случае, предки современных Шугановых — скорее всего, крестьяне или ремесленники, жившие в этих регионах.

Суффикса -ин в фамилии нет, что исключает происхождение от имени или прозвища на -а/-я. Фамилия Шуганова не относится к дворянским — она не зафиксирована в родословных книгах. Это фамилия простонародная, что подтверждается её словообразовательной моделью и отсутствием в исторических источниках упоминаний знатных Шугановых.