Фамилия Шугаенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была характерна для казацкой старшины и мещан Левобережной Украины. Суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) буквально означал «маленький» или «сын»: Шугаенко — «сын (или потомок) Шугая».

Корень фамилии — прозвище Шугай. В украинских говорах и южнорусских диалектах слово «шугай» (или «шуга») имеет два основных значения. Первое — «пугало, страшилище», то есть прозвище могли дать неопрятному или нелюдимому человеку, которого сторонились. Второе, более вероятное для казацкой среды, — «шугай» как вид старинной верхней мужской одежды (кафтан, поддёвка). В этом случае прозвище мог получить портной, торговец одеждой или просто человек, носивший характерный шугай.

География фамилии отчётливо указывает на её происхождение: Шугаенко — типичная фамилия для Полтавщины, Черкасщины и Сумщины. Встречается она и в приграничных районах России (Белгородская, Курская области) — следствие переселений малороссийских крестьян и казаков в XVII–XIX веках. Редкость фамилии в других регионах подтверждает её локальный, а не общерусский характер.

В сословном отношении Шугаенко не были исключительно дворянами или крестьянами: среди носителей встречались и казаки, и мещане, и позже крестьяне. В ревизских сказках XIX века эта фамилия фиксируется в основном у государственных крестьян и казаков. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали в великорусских губерниях, Шугаенко сохранила яркую украинскую огласовку и модель образования.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то «Шугай» (без суффикса) встречается реже и чаще как прозвище, а Шугаенко — уже устоявшаяся родовая форма. Интересно, что в русских говорах слово «шуга» означало ещё и «мелкий лёд на реке» (шуга — ледоход), но для фамилии это значение маловероятно: прозвища по природным явлениям в украинской антропонимии редки, а суффикс -енко требует мужского прозвища, а не нарицательного существительного женского рода.

Таким образом, основная версия происхождения фамилии Шугаенко — от прозвища Шугай, которое могло относиться либо к одежде (шугай — кафтан), либо к внешнему виду (шугай — пугало). Надёжнее версия с одеждой: прозвища по предметам быта и ремеслу — один из самых распространённых типов в украинской ономастике.