Фамилия Шугинин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шугинин, то есть сын или потомок Шугини. В основе фамилии лежит прозвище Шуга.

Само слово «шуга» в русских говорах имеет два основных значения, и оба могли дать начало прозвищу. Первое и самое известное — это мелкий рыхлый лёд, ледяная каша на реке во время ледохода. Прозвище Шуга могли дать человеку с холодным, отстранённым характером или, наоборот, тому, кто был подвижным, «зыбким», как ледяная крошка на воде. Второе значение — диалектное, зафиксированное в северных и сибирских говорах: «шуга» означала болотистую, топкую почву, зыбун. В таком случае прозвище могло прикрепиться к человеку, жившему у болота или на топком месте, либо к тому, кто «вяз» в делах, был медлительным.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркским корнем, где «шуга» могло означать что-то вроде «баловник» или «озорник», однако для фамилии с русским суффиксальным оформлением славянская основа выглядит убедительнее.

Фамилия Шугинин довольно редкая. Её география тяготеет к северным и центральным регионам России — там, где слово «шуга» бытовало в живой речи. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Шугин, но Шугинин — более полная форма, подчёркивающая происхождение от конкретного лица (Шугиня).

Таким образом, предок носителя фамилии Шугинин получил своё прозвище либо по природному явлению (лёд на реке), либо по особенностям местности (топь, болото). В любом случае, прозвище было образным и наглядным — из тех, что давали по наблюдаемым признакам, а не по профессии.