Фамилия Шугинина — женская форма, а её мужской вариант — Шугинин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шуга. В русских говорах слово «шуга» имело несколько значений: мелкий рыхлый лёд, плывущий по реке перед ледоставом; осенняя изморось или мокрый снег; а в пермских и сибирских диалектах — так называли бойкого, подвижного или беспокойного человека. Скорее всего, прозвище Шуга дали либо по характеру («шустрый, как шуга»), либо по внешней особенности — например, человеку с седыми или белыми волосами, напоминавшими ледяную крошку. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «шугать» — пугать, прогонять, откуда Шугой могли назвать пугливого или, наоборот, задиристого человека.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин: суффикс указывал на принадлежность («чей?» — сын Шуги). Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где активно бытовали прозвищные формы. Встречается Шугинина преимущественно в Поволжье и на Урале — в документах XVIII–XIX веков носители фамилии числятся среди крестьян и мещан Вятской и Пермской губерний.

Интересная деталь: у фамилии есть «речной» двойник — Шугин, более распространённый, но Шугинин сохранил редкий удвоенный суффикс (основа Шуга + -ин-ин). Это могло возникнуть из-за того, что исходное прозвище звучало как Шугиня (с окончанием -я), от которого затем образовали фамилию по тому же принципу: «чей?» — Шугинин. В ономастической литературе такая модель встречается реже, чем простая, и часто указывает на более позднюю фиксацию фамилии — уже после того, как патронимическая система стала угасать.

О точном значении прозвища Шуга можно спорить, но очевидно одно: фамилия Шугинина не книжная, не искусственная — она выросла из живого народного языка, из той среды, где человека могли назвать не по святому, а по меткой бытовой черте.